故事的主人公是高中生偵探——工藤新一。在一次與他的青梅竹馬毛利蘭到遊樂場約會的時候，新一看到兩個黑衣人進行非法交易，因為看的太入神而被另一個黑衣人從後面擊昏。那人乘機給他喂下犯罪組織新研製出來的毒藥。結果新一雖然幸運的沒有死，可是當他醒過來的時候居然變成了小孩的模樣。 如果讓黑社會組織知道新一還活[+展開] 活著，就又會招來殺身之禍，也會連累到身邊的人，所以新一隻把事情告訴了鄰居阿笠博士。為了得到黑社會組織的情報，新一謊稱自己是阿笠博士的遠房親戚“江戶川柯南”，在博士的幫助下成功的瞞過了小蘭並且寄宿到她家——毛利偵探事務所。 誰知小蘭的父親毛利小五郎只是個三流的糊塗偵探，所以遇到棘手的案件柯南就自己來偵破，再利用阿笠博士的發明讓人以為是毛利小五郎的功績，結果小五郎一舉成為名偵探。之後在調查案件的過程當中柯南雖然有再次遇到過喂他吃下毒藥的黑衣男子，也曾經短時間地變回原狀，可是始終無法完全恢復原來的身體，大概只要有我們這些柯南迷在，作者就永遠不會大發慈悲放過他吧[-摺疊] 展開
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