故事的主人公是高中生侦探——工藤新一。在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一看到两个黑衣人进行非法交易，因为看的太入神而被另一个黑衣人从后面击昏。那人乘机给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。结果新一虽然幸运的没有死，可是当他醒过来的时候居然变成了小孩的模样。 如果让黑社会组织知道新一还活[+展开] 活着，就又会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。为了得到黑社会组织的情报，新一谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，在博士的帮助下成功的瞒过了小兰并且寄宿到她家——毛利侦探事务所。 谁知小兰的父亲毛利小五郎只是个三流的糊涂侦探，所以遇到棘手的案件柯南就自己来侦破，再利用阿笠博士的发明让人以为是毛利小五郎的功绩，结果小五郎一举成为名侦探。之后在调查案件的过程当中柯南虽然有再次遇到过喂他吃下毒药的黑衣男子，也曾经短时间地变回原状，可是始终无法完全恢复原来的身体，大概只要有我们这些柯南迷在，作者就永远不会大发慈悲放过他吧[-折叠] 展开
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第1话第2话第3话第4话第5话第6话第7话第8话第9话第10话第11话第12话第13话第14话第15话第16话第17话第18话第19话第20话第21话第22话第23话第24话第25话第26话第27话第28话第30话第31话第32话第33话第34话第35话第36话第37话第38话第39话第40话第42话第43话第44话第45话第55话第56话第57话第58话第59话第60话第61话第62话第63话第64话第65话第66话第67话第68话第69话第70话第71话第72话第73话第74话第75话第76话第77话第78话第79话第80话第81话第82话第83话第84话第85话第86话第87话第88话第554话第555话第556话第557话第558话第559话第560话第561话第562话第563话第564话第565话第599话第773话第774话 没有被翻过的书第775话 视频网站第776话 罐头和猫第777话 步美的痕迹第778话 底谁才是名侦探第779话 小阿部第780话 魔法料理第781话 EYE第782话 年输蛋糕第783话 菱形和菱形第784话 誓言的现场调查第785话 夫人的白书第786话 亲子之间的视错觉第787话 小五郎先生是好人第788话 真正的沉睡小五郎第789话 冒牌小五郎的名推理第790话 千叶刑警的初恋情人第791话 还记得吗？第792话 难道说你是..第793话 私家偵探第794话 遗传信息第795话 走向火焰的轮话命运第796话 相约科伦坡第797话 扭曲交错的谎言与谜题第798话 侦探们的夜曲第799话 孩子的好奇心和侦探的探究心第800话 立体交错的盘算第801话 从來不笑的人第802话 不要露出那副表情嘛…第803话 曲解的结果第804话 高木警官送來的禮物第805话 Wataru Brothers第806话 被繼承的旭日之光第807话 最强的前辈第808话 迟到的扫墓第809话 房间裏的痕迹第810话 泡沫、蒸汽和香烟第811话 职业道具第812话 工藤优作的未解决事件第813话 金一君第814话 你是柯南吧？第815话 自己的地盘第816话 困境中的硝烟第817话 灯下孤影第818话 神秘列车启程第820话 神秘列車一等第821话 神秘列车(交叉)第822话 神秘列车（拦截）第823话 神秘列车排烟第824话 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